Il 2 Febbraio 1963 viene posta la prima pietra dell’erigenda chiesa di S. Maria di Jaddico.

Il 27 Novembre 1965 Mons. Nicola Margiotta, Arcivescovo di Brindisi, invia da Roma, dove è impegnato nelle sedute del Concilio, il decreto con cui viene canonicamente eretta in contrada "Jaddico" in agro di Brindisi, nel territorio della Parroccchia urbana "San Nicola", la chiesa dedicata a Maria Santissima "Mater Ecclesiae", delegando il Vicario Generale a benedirla.

L'8 Dicembre 1965, alle ore 16, il Vicario Generale, Monsignor Armando Franco, che diventerà in seguito Vescovo di Oria, benedice e dedica la cappella, ormai ultimata, a MARIA MADRE DELLA CHIESA, a ricordo della chiusura del Concilio Ecumenico Vaticano II°.

Il 27 maggio 1970 Monsignor Orazio Semeraro benedice la statua marmorea dell’Immacolata collocata sul porticato della chiesa.

L'8 Dicembre 1970, in occasione della festa dell'Immacolata Concezione, primo pellegrinaggio automobilistico, che parte da piazza Duomo a Brindisi, nelle prime ore della mattina e dopo la Santa Messa si svolge la cerimonia della benedizione delle auto e dei conducenti.

Il 31 maggio 1972 l’Arcivescovo Orazio Semeraro incorona solennemente le sacre immagini di Gesù Bambino e della Vergine Santa dell’affresco.

Nell’aprile 1975 viene completata la costruzione del campanile e della sacrestia.

Il 27 Novembre 1978 l'Arcivescovo di Brindisi, Monsignor Settimio Todisco, benedice la prima pietra dell’erigenda Cittadella Mariana.

Nell’estate del 1980, col nulla osta della Sovrintendenza ai Beni Culturali, viene restaurato l’affresco della Madonna.

Il 27 Novembre 1986 la chiesa e la casa ancora in costruzione sono affidate dall’Arcivescovo Todisco ai Padri Carmelitani Scalzi.

Nel 1987-88 vengono messi in esecuzione i lavori di ristrutturazione della chiesa con il rifacimento del pavimento, dell’altare e la collocazione del un nuovo tabernacolo. Vengono inoltre sistemati gli ambienti esterni, sala ex voto, servizi, con accessori e rifiniture della casa. L’ampio piazzale, che si spinge fino a tutta la fronte del convento è mattonato e ornato di aiuole.

Il 19 marzo 1990 a conclusione della sistemazione esterna sul lato sinistro del Santuario è messa in evidenza una statua marmorea di San Giuseppe patrono dell’Ordine Carmelitano e della Chiesa universale.

L'8 Dicembre 1990 l'Arcivescovo Settimio Todisco eleva la chiesa a SANTUARIO CITTADINO.

Nel 1993 il terreno intorno al Santuario è decorosamente ordinato con viali e grandi spazi verdi alberati e con comode panchine. Lungo i viali del giardino si appoggiano i Misteri del Santo Rosario. Al centro viene eretto il blocco marmoreo che rappresenta Maria Regina mentre riceve le Grazie dal Sacro Costato di Gesù per offrirle all’umanità.

Il 15 Luglio 1993, Vigilia della festa della Madonna del Carmine, Teodoro D’Amici termina la sua vita terrena. Un busto in bronzo viene posto nel giardino. 

Il 14 dicembre 1999 la nostra chiesa è elevata a SANTUARIO DIOCESANO dall'Arcivescovo Settimio Todisco.

L'8 aprile 2000, il nuovo Arcivescovo Rocco Talucci, per l'occasione dell'ANNO SANTO in corso, indica in nostro Santuario come CHIESA GIUBILARE per l'acquisto delle Sante Indulgenze.

Il 17 novembre del 2007, arrivo delle Carmelitane di Montefalcone (BN).
Esse appartengono alla grande famiglia del Carmelo Teresiano e sono nate presso il Santuario del Carmine di Montefalcone Valfortore (BN) nel 1934 per opera del sacerdote Antonio Petrilli (1884-1954). Perciò possiamo proprio dire che è stata Maria a volerle qui a Jaddico, ove saranno al servizio di Colei che è - come dicono le loro costituzioni - la loro «Patrona… Madre tenerissima e Modello di vita donata a Dio».